Drei Monate vor dem Beginn des Zweiten Weltkrieges meldete die Verwaltung des evangelisch-lutherischen Johannisfriedhofs auf Anforderung des Oberbürgermeisters freie Begräbnisflächen für »etwaige Massenbestattungen«. Als im Sommer 1943 alliierte Luftangriffe auf Dresden immer wahrscheinlicher wurden, ließ die Stadtverwaltung hier Begräbnisflächen für eine größere Zahl von Luftkriegstoten erschließen. Bis zum Jahresende 1943 entstand ein »Ehrenhain«, um den »Terroropfern« eine »in jeder Hinsicht würdige« Ruhestätte zu schaffen.

Gänzlich ohne diesen Anspruch, meist in anonymen Sammelgräbern, begrub man derweil Opfer der nationalsozialistischen Diktatur auf dem Johannisfriedhof: polnische und tschechische Bürger, die im Dresdner Landgericht hingerichtet worden waren. Ums Leben gekommene Häftlinge der Dresdner KZ-Außenlager, Zwangsarbeiter und Kriegsgefangene.

Nach den Luftangriffen im Februar 1945 waren die vorbereiteten Flächen im Ehrenhain bereits nach zwei Wochen belegt. Unter den bis dahin etwa 1.200 Bestatteten befanden sich auf die Eltern der 12-jährigen Anita J., deren Leichen ein Nachbar auf einem Radanhänger zu Fuß aus der Johannstadt hierher gebracht hatte. »Die Toten wurden auf der Seite liegend, ohne irgendwelche Umhüllung bestattet. Jeder Tote hatte ein Feld von 60 cm Breite«, erinnert sie sich. Nachdem Anfang März 1945 die Leichenverbrennungen auf dem Altmarkt beendet worden waren, stieg die Zahl der Bestattungen auf dem Johannisfriedhof rasch an. Den gesamten Monat über waren holländische Kriegsgefangene »zum Grabenschaufeln« und »Rekognoszieren der Terrorleichen« im Einsatz. Städtische Beamte führten das Register und meldeten die Bestattungszahlen regelmäßig an die Stadtverwaltung.

Zusammen mit den in der Nachkriegszeit Geborgenen sind auf dem Johannisfriedhof mehr als 3.700 Menschen bestattet, die im Februar 1945 in Dresden getötet worden waren.